עם כניסתו לתוקף של צו הפירוק, בא המפרק "בנעלי האגודה" ומחליף למעשה את מוסדותיה. הוא מוסמך להופיע בשם האגודה בבתי משפט ולייצגה בפני כל גורם, ועליו לנהל את ספרי האגודה ולהשקיע את כספיה בדרך המועילה ביותר לביצוע הליכי הפירוק.
במקביל, על ועד האגודה להמציא למפרק, בתוך שלושים יום ממועד מתן צו הפירוק, דוח מפורט על מצב עסקי האגודה.
לצד תפקיד זה מוטלת עליו החובה (בדומה למפרק של חברה או תאגיד אחר) לרכז את תביעות החוב כלפי האגודה, הן מצד חבריה, הן מצד נושים אחרים והן מצד רשויות מס וכיו"ב, ולשלם את החובות הללו מתוך נכסי האגודה ככל שניתן.
לשם כך מוסמך המפרק להכריע בדבר גובה תביעות החוב, וכן מוקנות לו סמכויות עֶזֶר לצורך הכרעה זו, כגון סמכות להזמין עדים, לאכוף עליהם התייצבות וכיו"ב.
המפרק נדרש גם לעדכן את פנקס החברים של האגודה, לבחון את היקף אחריותם של החברים במקרה של פירוק האגודה.
על המפרק להגיש לרשם דוחות תקופתיים, בהם מתאר המפרק, הן באמצעות דוח כספי והן באמצעות דוח מילולי, את מצבה של האגודה ומצב הליכי הפירוק. לקראת סיום הפירוק מגיש המפרק דוח סופי, בו הוא מסכם את הליכי הפירוק ומבקש את ביטול רישומה של האגודה (ככל שאין מדובר ב"פירוק מפעיל") ושחרורו מתפקידו.
על החלטות המפרק ניתן לערער בתוך חודשיים בפני הרשם.
שכר המפרק נפסק על ידי הרשם. הדבר מוסדר בכללים למינוי מפרקים של אגודות שיתופיות ולקביעת שכרם, תשנ"א-1991.
בדרך כלל הפירוק נועד להביא לסיום "חייה" של האגודה, אך לעיתים מתמנה "מפרק מפעיל" שדואג לניהול האגודה, עד למצב שהנסיבות שהביאו למתן צו הפירוק מסתיימות. במקרה כזה "מוחזרים המפתחות לבעליהם", דהיינו לרשויות האגודה הנבחרות, וצו הפירוק מתבטל.