ככלל, על כללי הבוררות להיות מותווים בתקנון האגודה, כאשר כללים אלו כפופים לעקרונות הסטטוטוריים הבאים:
א. מי יכול להתדיין בפני הרשם (בכל סכסוך הנוגע לעסקי האגודה)?
1) חברי אגודה, מי שהיו חברים, עזבון חברים;
2) אגודות;
3) ועד האגודה;
4) בעל תפקיד באגודה.
ב. תוקף ההחלטה בבוררות - סוֹפיוּת הדיון
כאשר מחליטה האגודה (בתקנונה) כי יישוב הסכסוכים אצלה יהיה בפני הרשם, רשאי כל צד להגיש לרשם בקשה למינוי בורר לצורך יישוב הסכסוך. הרשם מחליט אם למנות בורר (כך מקובל בדרך כלל) או לדון בסכסוך בעצמו, ואולם אם מינה הרשם בורר, הרי שלצורך אכיפת פסק הבורר והוצאתו אל הפועל, יש להביאו בפני הרשם להליך של אישור, אך הרשם איננו מחויב לאשר את הפסק ויכול הוא גם לתקנו או להחזירו לבורר לעיון מחדש. מכל מקום, החלטה של הרשם בסכסוך, בין אם דן בו בעצמו ובין בהליך של אישור פסק הבורר, היא החלטה סופית, ומעמדה, ע"פ הפקודה, כמעמד של החלטת בית משפט מחוזי שאינה ניתנת לערעור. זאת כדי לתת משנה תוקף ויציבות להחלטות בעניין יישוב הסכסוכים, במטרה לסיים הסכסוך במהירות האפשרית.
עם זאת, ככל החלטה שיפוטית של רשות ציבורית (כמו בית דין לעבודה, בית דין רבני), ניתן לתקוף את החלטות רשם האגודות בתחום הבוררות בפני בג"ץ, אך זאת רק בעילות מצומצמות שנוגעות לתקינות ההליך בלבד ולא לתוכנו, כגון עילות של אפליה, משוא פנים וכיו"ב.
ג. עלויות
עלות ההליך בפני הבורר מוטלת על הצדדים לבוררות בהתאם להחלטת הבורר. הליך אישור פסק הבוררות בפני הרשם אינו כרוך בתשלום.
ד. סדרי דיןכחלק מניסיון להביא לפתרון מהיר של הסכסוך, ומתוך הבנה למשקעים הגדולים שעלולים להיווצר כתוצאה מהסכסוך באגודה ובין חבריה ולהשפעתם הקשה של המשקעים הללו על האגודה, נקבעו להליכי הבוררות בפני הרשם סדרי דין מיוחדים ב
תקנות האגודות השיתופיות (בוררות בסכסוכים), תשל"ב-1972. סדרי דין אלו גמישים בעיקרם ביחס לסדרי הדין הקבועים בבית המשפט. כמו כן הבורר אינו כפוף לדיני הראיות הנהוגים בבתי המשפט.
ה. מה צריכה לכלול הבקשה למינוי בורר?
בקשה למינוי בורר צריכה להיות מוגשת לרשם במספר עותקים כמספר הנתבעים ועותק אחד נוסף, ולכלול התייחסות לכל אלו -
1) סוגיית הסמכות - האם תקנון האגודה קובע בוררות בפני הרשם או בפני גורם אחר שלא פעל למנות הבורר ונדרשת התערבות הרשם לצורך המינוי בלבד.
2) פרטי התובע והנתבעים לרבות מספרי ת"ז, מען ופרטים ליצירת קשר.
3) "סיפור המעשה" - תיאור התובע והנתבעים, פרטי הסכסוך, עילות התביעה, הסעדים הנתבעים, אסמכתאות רל